Fase del convento

El papa Pío V asignó el área al convento de Santa Catalina de Siena y a partir de 1574 la construcción de las estructuras del convento, cuya ejecución se confió inicialmente al arquitecto Sallustio Peruzzi, transformó radicalmente edificios antiguos, modificando la organización espacial y las comunicaciones internas y externas.
 

Ricostruzione grafica dei Mercati di Traiano durante la fase conventuale

En 1885, tras el nombramiento de Roma como capital de Italia, el convento fue alejado para dejar lugar al cuartel Goffredo Mameli.

Además, a principios del siglo XIX, durante la ocupación napoleónica de Roma, se iniciaron las primeras excavaciones en el área de la Basílica Ulpia del Foro de Trajano, después continuadas bajo el papa Pío VII, y se investigó el extremo sur del Gran Hemiciclo que sacó a la luz la vía romana pavimentada de basalto que separaba el complejo de los Mercados del Foro de Trajano.